Bisnis.com, JAKARTA - Para ilmuwan telah menemukan potongan DNA misterius yang sangat besar dalam mikrobioma oral populasi bakteri dan mikroba lain yang hidup di mulut kita dan mereka mengatakan DNA raksasa ini mungkin memengaruhi sistem kekebalan tubuh manusia.

Dalam sebuah studi yang diterbitkan 11 Agustus di jurnal Nature Communications, para peneliti melaporkan fitur mikrobioma oral yang sebelumnya tidak ditemukan, berupa potongan DNA bakteri raksasa yang terpisah dari genom utama mikroba.

Para peneliti di laboratorium Yutaka Suzuki di Universitas Tokyo ingin mengeksplorasi data yang hilang ini dan terinspirasi oleh penemuan terbaru elemen ekstrakromosom raksasa (ECE) pada bakteri yang hidup di tanah.

ECE adalah potongan DNA yang terpisah dari genom utama suatu organisme. Pada manusia, DNA mitokondria kita yang tersimpan di pusat sel kita adalah ECE. Pada bakteri, ECE kecil yang umum dikenal disebut plasmid.

Penulis utama studi Yuya Kiguchi, yang kini menjadi peneliti di Universitas Stanford, dan rekan-rekannya di laboratorium Suzuki memperkirakan bahwa ECE raksasa dapat ditemukan pada bakteri yang hidup di tempat lain selain tanah.

Dengan menggunakan sampel air liur dari ratusan orang, para peneliti menemukan, untuk pertama kalinya, bahwa ECE raksasa juga terdapat dalam mikrobioma mulut kita. Tim peneliti menamai potongan-potongan DNA raksasa ini "inocles;" singkatan dari "insertion sequence encoded; oral origin; circle genomic structure."

Mereka juga menemukan bahwa sekitar 74% orang dalam penelitian mereka memiliki inocle ini dalam mikrobioma mulut mereka.

Jadi mengapa ini pertama kalinya inocle ditemukan? Sebagian besar eksperimen genetik pada bakteri menggunakan metode pengurutan DNA baca-pendek.

Metode ini melibatkan pemotongan DNA sel menjadi potongan-potongan yang lebih kecil, membaca kodenya, dan kemudian menyusun potongan-potongan tersebut menjadi genom lengkap menggunakan komputer.

Meskipun metode pengurutan ini dapat dengan mudah mendeteksi ECE kecil, seperti plasmid bakteri pada umumnya, inocle terlalu besar dan kompleks untuk dideteksi oleh pengurutan baca-pendek.

Lebih lanjut, potongan DNA ini dikaitkan dengan perubahan dalam sistem kekebalan tubuh dan bahkan terjadinya beberapa jenis kanker, tim menemukan.

Studi ini memberikan "potongan teka-teki baru yang merupakan langkah dalam memahami mikrobioma oral, kesehatan manusia, dan penyakit manusia," ujar Floyd Dewhirst, seorang profesor di ADA Forsyth Institute yang tidak terlibat dalam penelitian ini, dilansir dari livescience.

Dengan menggunakan pengurutan DNA pembacaan panjang metode yang lebih mahal dan memakan waktu di mana potongan-potongan DNA yang jauh lebih besar diurutkan dan disatukanpara ilmuwan dapat mengidentifikasi potongan-potongan besar DNA ekstrakromosomal ini dalam bakteri sampel air liur manusia.

Dengan mengkorelasikan hasil tersebut dengan sampel darah dari orang yang sama, mereka juga menemukan bahwa perbedaan kadar inokulus berkaitan dengan perbedaan sistem imun, termasuk respons imun terhadap infeksi bakteri dan virus tertentu.